Euroopa ligikaudu sajast tuhandest merikajakapaarist pesitseb praegu Eesti saarekestel ja neemetippudel kahe tuhande paari ringis. Sisevetel neid naljalt ei näe. Selle liigi arvukus on viimase poole sajandi kestel läbi teinud vägagi suure muutuse. Saja aasta eest pesitses merikajakaid Eestis kõigest mõnikümmend paari ja neid leidus vaid Saaremaa ümbruses. Tasapisi hakkas neid ilmuma ka Väinamerele, kus veel viiskümmend aastat tagasi pesitses näiteks Matsalu kaitseala laidudel alla 20 paari (muide, tollal mitu korda enam kui hõbekajakaid). Seejärel puhkes suurte kajakate sigimisbuum, mille käigus merikajaka arvukus suurenes mõnekümne aastaga ornitoloog Eve Mägi hinnangul 150kordseks ja selle liigi arvukus Eestis jõudis enama kui viie tuhande haudepaarini. Siis aga, eelmise aastasaja lõpust peale hakkas nende hulk järjest kahanema ja nüüdseks on paaride arv langenud alla kahe tuhande künnise.
Merikajakad eelistavad pesitseda eraldi paaridena, üksteisest eemal. Suure arvukuse perioodil siiski tekkis mõningaid kolooniaid, isegi mõnekümnepaarilisi, milliseid nüüd enam ei leidu. Pesapaigale saabub merikajakapaar varakult, juba märtsis, etendab vigurmanöövritest rikkaid ja kõlavatest kuvää-kuvää-hüüetest saadetud mängulende ning asub peagi pesa ehitama. See on päris kogukas, kuni 60sentimeetrise läbimõõduga mitmesuguse taimeprahi kuhjatis, mille keskel olev pesalohk on peaaegu 30sentimeetrise läbimõõduga ja kuni 10 sentimeetri sügavune. Vahel võetakse üle mõne teise linnu, isegi kühmnokk-luige rajatud pesa.
Aprilli lõpupoole leidub pesas reeglina kolm muna. Need on enamasti hallikasroheka tausta ja hõredavõitu tumepruunide plekkide ja tähnidega, kaalult ikka üle 110 grammi. Haudumises osalevad järjepannu mõlemad vanemad ja pojad kooruvad nelja nädalaga. Alul püsivad nad seadsalt pesal, hiljem peituvad pesa lähedal taimede või kivide varju. Vanemad tassivad neile mitmesugust toitu, enamjaolt kalu ja teiste lindude (ka kajakate) poegi. Oma maos kohale toodud saak öögatakse pessa või pesa kõrvale maha. Hallid tumedate tähnidega pojad saavad tuule tiibadesse 45–50 päeva vanuselt.